В Android Studio 3.0 появилась возможность открывать и декомпилировать APK файлы. Это хорошая база, но можно все это сделать и вручную, потом открыть как существующий код в Android Studio 2 или Intellij IDEA. Единственное он не позволяет дебажить smali без исходников. Но для этого просто ставим плагин smalidea. Только предварительно нужно пересобрать APK добавив в AndroidManifest.xml к тегу application атрибут debugable="true". Это позволит его открыть в Android Studio и запустить в режиме отладки на устройстве. Так, к сведению. Если в прошивке активирован режим отладки, прописан параметр ro.build.type=userdebug в /system/build.prop, то абсолютно все приложения будут доступны для отладки. И ещё, если сконвертировать dex2jar, а потом декомпилировать в Java код, то можно будет в него подсматривать для лучшего понимания ситуации при отладке.

а что насчёт дизассемблирлвания, например с ida pro?

adb можно получить и без Android SDK, благо сборок, инсталяторов и просто архивов с бинарниками в сети полно. Ну а если, вас Linux то скорее всего adb есть в пакетном менеджере.