Основан в 1389 году епископом Ростовским святителем Иаковом. Изгнанный из города своей паствой (за помилование преступницы, ожидавшей казни), Иаков поселился к югу от Ростова, где своими руками срубил небольшой деревянный храм и освятил его в честь Зачатия Пресвятой Богородицы. Вскоре возле церкви создалась небольшая община единомышленников изгнанного епископа.
Так возникла новая обитель.
После смерти епископа Иакова началось его местное почитание как святого, его захоронение оберегалось как святыня. Общецерковное прославление совершено в 1549 году. Его мощи покоятся под спудом в церкви Зачатия Святой Анны.
Монастырь именовался Зачатьевским (по имени главного храма, посвящённого Зачатию праведной Анны) или Иаковлевским (по имени основателя обители). Со времени основания обители (XIV век) до второй половины XVII века все постройки Зачатьевского монастыря были исключительно деревянными (ни одна из них не сохранилась до наших дней).
Первым каменным зданием монастыря стал Троицкий, позднее Зачатьевский собор (1686), построенный на месте одноимённой деревянной церкви. В 1689 году собор был расписан ярославскими мастерами
г. Ростов Великий, Ярославская область